המוזיאון שוכן בקומפלקס בתי הכנסת האשכנזיים של אמסטרדם – הגדול, החדש, השלישי ו"אובנה" – ארבעה בתי כנסת מהמאות ה-17 וה-18, ומציג את עברה של הקהילה היהודית באמסטרדם.

המוזיאון להיסטוריה יהודית, אמסטרדם
Photo: Nichon Glerum
המבנה שלו, העשוי מזכוכית ופלדה נמצא בלבו של הרובע היהודי המקורי של אמסטרדם.
במוזיאון הגדול נמצא ארון קודש מהמאה ה-17. במוזיאון החדש נמצאת חלק מתצוגת הקבע ובקומה התחתונה מוצגות תערוכות מתחלפות.

פנים המוזיאון להיסטוריה יהודית, אמסטרדם
Photo: Nichon Glerum
במוזיאון נמצאות שתי החנוכיות היקרות בעולם, אחת מהן נמצאת בבית הכנסת הגדול.
יש פה מוזיאון לילדים המתוכנן כבית עם מטבח, חדר אוכל, חדר שינה, חדר מוזיקה וסלון. כאן אפשר לאפות חלה במטבח, לעשות עבודות אומנות ואמנות בחדרים אחרים, לנגן מוזיקה ועוד… כאן גם לומדים על המשפחות היהודיות והמסורות שלהן בהולנד של היום.
המוזיאון היהודי פיתח פילוסופיה הנקראת "אני שואל", המעודדת מבקרים לפתוח בשיחות עם מדריכים ולא רק להתבונן במוצגים בצורה פסיבית. שיטה זו נחלה הצלחה גדולה ומוזיאונים אחרים מנסים לאמץ אותה.
הכרטיס למוזיאון תקף לכל אתרי הרובע היהודי.