אחת מהגלריות לאמנות החשובות באיטליה. הגלריה שוכנת בבניין ההיסטורי של האקדמיה לאמנויות יפות והיא כוללת אוסף עשיר של יצירות מופת איטלקיות מתקופת ימי הביניים ועד המאה ה-18.
בפינקוטקה מוצגות יצירות של מיטב אמני רנסאנס, מנזייריזם ובארוק, וביניהם אמנים מקומיים מהאסכולה הבולונזית, כמו האחים לודוביקו, אניבלה ואגוסטינו קאראצ'י (Carracci), גְווידו רֶני, גוארצ'ינו ודומניקינו. בנוסף לכך מוצגים במוזיאון גם יצירות של אמנים ידועים אחרים, כמו ג'וטו, טיציאן, רפאל (Raphael) ופרוג'ינו.
הגלריה נוסדה בשנת 1808 על חורבותיה של האקדמיה קלמנטינה (accademia clementina) ותחילתו באוסף יצירות שהגיעו אליה מהמכון המדעי (instituto delle scienze). עם זאת, רוב העבודות הגיעו מכנסיות עירוניות שנהרסו, במיוחד בתקופת נפוליאון שכדרכו, לקח את הציורים הטובים ביותר לפריז, אך בניגוד למקומות רבים לאחר 1815, התמזל מזלה של בולוניה ואלו הוחזרו אליה והם נמצאות כעת בגלריה.
האמנים הבולונזים מהמאה ה-14
המסלול מתחיל עם המאסטרים של בולוניה בימי הביניים, באולם 1, עם הציורים של ויטאלה דה בולוניה (Vitale da Bologna) כשגולת הכותרת היא התמונה "סנט ג'ורג' והדרקון" (St George 's Battle with the Dragon). צבעים מבריקים, שמץ של עומק והנאה מהטבע הם המאפיינים של ויטלה, למעט התמונה Gesù Cristo in Pietà האפור והקודר שצויר בשנת המגיפה של 1348.
החדר הבא מוקדש לציירים 'זרים', ואת גאוות המקום תופס הג'וטו היחיד בבולוניה, פוליפטיכון עם "המדונה והקדושים".
הרנסנס
חלק זה מכיל יותר 'זרים', עם יצירות משובחות של אנטוניו וברטולומיאו ויוריני (Vivarini) וצ'ימה דה קונליאנו (Cima da Conegliano) מוונציה; הוא מראה את ההשפעה הניכרת של אמנים מוונציה וטוסקנה על האמנים המקומיים הנוכחים, בעיקר בווירטואוזיות של הבד הגדול של לורנצו קוסטה מפרארה ו-Il Francia (פרנצ'סקו פרנצ'ה) של בולוניה, הציירים הפופולריים ביותר בבולוניה בימי משפחת בנטיבוליו (Bentivoglio).
הציור המפורסם ביותר כאן הוא של רפאל "האקסטזה של ססיליה הקדושה", יצירה מאוחרת (1517) שהאמן שלח מרומא לתלות בכנסיית San Giovanni in Monte. הוא מראה את הקדושה הפטרונית של המוזיקה, אוחזת בסט צינורות עוגב ומקשיבה בהתלהבות לשירתם של המלאכים, עם כלי נגינה בשווי של תזמורת קאמרית, ללא רצועות ושבורות לרגליה, סמל לחוסר העניין של ססיליה בדברים ארציים. סביבה עומדים קדושים מהורהרים: פאולוס נשען על חרב, יוחנן האוונגליסט עם הנשר שלו, אוגוסטינוס ומריה מגדלנה.
מנייריזם
מהעשורים המנייריסטיים של אמיליה-רומנה מגיעות יצירות מאת פלגרינו טיבאלדי (Pellegrino Tibaldi), פארמיג'אנינו (Parmigianino), ו- Niccolò dell'Abate (סצנות מ"אורלנדו המטורף" (Orlando Furioso), וכמה יצירות פחות טובות מאת איל גארופלו (l Garofalo) החולקות מקום עם פרוג'ינו, ג'וליו רומנו ו"ישוע הצלוב עם הגנב הטוב" של טיציאן .
הבארוק
בני משפחת קראצ'י, שיזמו את המעבר של בולוניה לחזית האמנות האיטלקית עם שחר הבארוק, מקבלים חדר לגמרי לעצמם; בין היצירות הרבות ניתן למנות את "ההמרה של פאולוס השליח" (Caduta di San Paolo) ומדונה דיי ברגליני (Bargellini) מאת לודוביקו, "מדונה והקדושים" של אניבלה, ו-Comunione di San Girolamo של אגוסטינו, אחת היצירות המפורסמות והמשפיעות ביותר של ימיה, האיחוד של ג'רום הקדוש (סן ג'ירולמו), דמות מרכזית בנצרות הקתולית, עם ישו דרך קבלת לחם הקודש.
מכאן זה צעד קצר והגיוני אל עולמו הקטן המוזר המושלם של גווידו רני, הבן האהוב על בולוניה, שמרוויח את החדר המפואר ביותר במוזיאון כולו. רוב יצירותיו הטובות ביותר נמצאות ברומא, אבל המבחר כאן לפחות נותן רמז למה רני נחשב פעם לאחד מגדולי הציירים בכל הזמנים; אפילו בימיו, הדיוק הקלאסי בקו והשליטה המלאה בצבע ובקומפוזיציה נחשבו כמקדמה מרעננת להפרזות המרגשות של המנייריסטים. נקודות השיא כוללות את "הניצחון המהפנט של שמשון", "טבח התמימים" (Massacre of the Innocents), וה"פייטה"; ויש דיוקן של האמן עצמו, מאת סימון קנטריני.