הוילה, שנבנתה בתחילת המאה ה-17, שימש כמשתלת התפוזים של וילה בורגזה. הוא בלט מאוד בזכות הסגנון הפלאדיאני שלו.
המבנה קושט במאה ה-18 על ידי אחד מבני משפחת בורגזה שגייס לשם כך את האמנים הגדולים ביותר באותו זמן. אך לצער כולם, הוא ניזוק בזמן הפצצה על ידי כוחות הצרפתיים ב-1849, וכל העיצובים המפוארים שלו הושמדו.
ב-1903 עברה הוילה לידי מועצת העיר, שהפכה אותו למשרדים.
ב-2006 הוילה הפכה למוזיאון, המבנה שופץ ושוחזר וחזר להדר הקודם שלו.
קרלו בילוטי, איש עסקים ואספן אמנות עיקרי, היה מאחורי היוזמה המוצלחת למצוא בית לאוסף שלו לפני שימות.
במרץ 2015 האוסף הקבוע עבר לקומה הראשונה, עם 22 ציורים, פסלים ורישומים שהיו שייכים לקרלו בילוטי, כולל פורטרט יפהפה של אשתו ובתו שצייר אנדי וורהול, שיצר אותו ב-1981, ו-18 ציורים של ג'ורג'ו דה קיריקו (Giorgio De Chirico), אמן שריתק את בילוטי בזכות הנושאים שקרובים ללבו של האמן.
אל תחמיצו את הציור היפהפה של ג'ינו סווריני "קיץ" (1951).